そういう仕様ということを知らなかったのでメモ
出典
思いの外わかりやすく書いてある
このメソッドが許可されるのは、window.open() メソッドを用いたスクリプトにより開かれたウィンドウに対する呼び出しのみです。 - window.close - Web API | MDN
なぜ認識違いが起きていたのか
この仕様、IE11だとしっかりと準拠していないらしく、openで開いていないものに関してもcloseができるという仕様だったので、ワンセットで扱うという認識があまり浸透していない様子