ハイエンドモデルと何が違うんだっけ？ってなるので
語源
語源は海軍用語の旗艦（フラッグシップ）から
また、他の多くの海軍用語と同様、「旗艦」「フラグシップ」もほかの用途に転用されて、日常的な用語として使われる。この場合、集団やグループの最も重要な位置付けにあるものを指すが、この最も重要な位置付けとは、通常、ステータス性を持つものや戦略的に重要なものとしての位置づけである。 たとえば、会社の利益を支える主力製品、あるいは会社の技術の粋を尽くしてつくられた最高価格製品を「旗艦製品」「フラグシッププロダクト」と呼んだり、会社の中で最大の設備・規模を有する中核店舗、あるいは先駆的な試みをする位置付けの店舗を「旗艦店」「フラグシップストア」と呼んだりする。 - 旗艦 - Wikipedia
使われ方
重要なプロダクトの"モデル"であることは語源から汲み取れるが、実際に扱われる場合は2つのパターンがあるとされている。
- そのモデル（またはブランド）において最も機能が優れているモデル
- そのモデル（またはブランド）において最も重要な立ち位置のモデル
2の意味が本来のフラグシップだと思われるが、それが転じて最高機能を持つモデルという意味合いで使われることが増えた模様
